2019 yılından buyana Fen Edebiyat Fakültesi Dekanı olarak görev yapan Prof. Dr. Ekrem Bektaş’ın istifa nedenin kendisinden habersiz 2 personelinin görev yerinin değiştirilmesinden kaynaklandığı ileri sürüldü. Dekanlıkta biri kadın diğeri erkek olan ve dekanlığın büyük oranda yükünü taşıyan 2 ismin Fen Edebiyat Fakültesi Dekanlığından alınarak bir başka yere görevlendirilmesi Prof. Dr. Ekrem Bektaş’ı çok üzdüğü ve bunun üzerine istifa ettiği iddia edildi. Gördüğü lüzum üzerine istifa ettiği kamuoyuna yansıyan Harran Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Ekrem Bektaş’ın istifasının perde arkasının söz konusu iddia olduğu öğrenildi. Bu arada Dekan Yardımcısı Prof. Dr. Mehmet Sait Şahinalp ise yaptığı açıklamada bir diğer Dekan Yardımcısı Prof. Dr. Mustafa Değirmenci ile görevlerinin de sona erdiğini duyurarak "Fen-Edebiyat Fakültemiz dekanı Prof. Dr. Ekrem BEKTAŞ, gördüğü lüzum üzerine istifa etmiştir. Dolayısıyla Dekan Yardımcıları olarak şahsım ve Prof. Dr. Mustafa Değirmenci'nin görevi sona ermiştir. Yeni atanacak olan idareci arkadaşlara şimdiden başarılar dilerim" demişti.